Ośrodek duszpasterski, a później parafia p.w. św. Józefa w Szczepankowie została utworzona z części terytorium parafii p.w. św. Andrzeja Apostoła w Spławiu.
Osada w Spławiu położona przy starym szlaku handlowym z Poznania do Krakowa mogła się rozwijać już we wczesnym średniowieczu i na ten okres szacuje się powstanie tamtejszej parafii, było to ponad 600 lat temu. Dzieje kościoła w obecnym miejscu datuje się od okresu średniowiecza, kiedy państwo polskie jednoczyło się po rozbiciu dzielnicowym. Przez pięć wielkich epok historycznych wokół tej świątyni skupiało się życie religijne i społeczne mieszkańców Spławia, Krzesin, Kobylegopola, Michałowa, Szczepankowa i Franowa.
Kościół parafialny p.w. św. Andrzeja Apostoła powstał pod koniec drugiej połowy XIII wieku, a jego fundatorami byli bracia Andrzej i Jan Spławscy wraz ze swoją matką Heleną.
W XVII wieku istniały obok siebie dwa kościoły: rzymsko-katolicki i protestancki, oba zostały spalone w 1656 roku przez Szwedów w wyniku odwetu za zabicie żołnierza szwedzkiego przez miejscowego chłopa.
Obecny kościół powstał w latach 1692 – 1752, i wtedy to został ponownie erygowany jako kościół parafialny. W 1869 roku hrabia Józef Mycielski dokonał gruntownej restauracji kościoła, a ostateczny kształt nadały budowli prace z 1880 roku. Budynek jest zbudowany w stylu gotyckim, jednonawowy, murowany z cegły ceramicznej na podmurówce kamiennej.
Od początku II wojny światowej parafia nie miała swojego kapłana, opiekę duszpasterską nad parafią i kościołem pełnił proboszcz parafii w Tulcach. W 1942 roku kościół został zamknięty, a wierni uczęszczali na nabożeństwa do Tulec lub do kościoła p.w. św. Wojciecha w Poznaniu.
Po odzyskaniu niepodległości kościół w Spławiu został wyremontowany. Zabytkowy budynek był jednak za mały, aby mógł przyjąć także wiernych z szybko rozrastającego się Szczepankowa. Był też zbyt daleko od krańców nowego osiedla i dotarcie na nabożeństwa sprawiało wiele trudności jego mieszkańcom. Dlatego kolejni proboszczowie ze Spławia przykładali wiele starań, aby uzyskać pozwolenie na budowę nowego kościoła w centrum Szczepankowa.